Yûgi Muto est un jeune adolescent qui mène une existence tranquille et va, comme tout bon garcon de son âge, au lycée où il est parfois un peu chahuté. Il est élevé par son grand-père qui tient une boutique de jeux et objets divers.

Ce dernier fait un jour cadeau à Yûgi d’un puzzle millénaire dont on prétend qu’il renfeme un secret, secret jusqu’alors inviolé. Comme un signe du destin, Yûgi parvient à reconstituer le puzzle en forme de petite pyramide. Se révèle alors en lui une seconde personnalité, celle d’un Yugi beaucoup plus sombre et qui ne tolère aucune injustice.

Les deux personnalités, tels Dr Jekyll et Mr Hyde, sont diamétralement opposés et Yûgi "le bon" ignore jusqu’à l’existence même de son double. Lors de jeux toujours plus subtils les uns que les autres, Yûgi "le sombre" rend la justice arbitrairement et ne se fait pas que des amis.

L’histoire prend une tournure nouvelle lorsque le créateur même d’un célèbre jeu de cartes – Magic&Wizards – enlève le grand-père de Yûgi pour contraindre ce dernier à venir participer au grand rassemblement de duellistes sur son île. Les jeux sont ouverts et Yûgi, entouré de ses amis, devra faire preuve de beaucoup d’habileté pour atteindre son but!